熒光顯微鏡是通過使被測物體發出熒光，再通過觀察熒光的波長來對物體進行研究的工具。雖然熒光顯微鏡和普通顯微鏡都是屬于顯微鏡，但是熒光顯微鏡從制造原理到觀察方法都要和普通的顯微鏡不同。

1、應用領域不同

普通顯微鏡可以觀察多種不同領域里的產品，但是熒光顯微鏡就只能用于觀察生物細胞。熒光顯微鏡采用紫外線來照射被測的目標，使其發出熒光，然后再對物質進行仔細的觀察和分析。

如果被測的目標無法發出熒光我們也可以用熒光燃料對其進行染色，然后再進行觀察。使用熒光的方法多是為了觀測一些特別細小的物質，這些物質通常不能被肉眼直接觀察。生物科學里經常需要進行觀察的細胞類物質很難用肉眼觀察，所以熒光顯微鏡在生物細胞學中的應用就會比較多。

2、紫外線觀測不同

普通顯微鏡利用自然光源進行觀察，而熒光顯微鏡是通過紫外線進行觀測。紫外線的波長較短，所以在做為觀察物體的光源時，可以得到比較高的分辨率。對于觀察細胞內部的細胞壁和細胞核等具體結構會有所幫助。

3、兩個濾光片不同

 熒光顯微鏡有兩個濾光片，一個主要用來在使用前過濾可見光，減少觀測時的誤差。另一個在物鏡和目鏡之間的濾鏡是為了過濾紫外線，用來保護研究人員的雙眼。紫外線畢竟是對人體有所損害的，不進行紫外線的防護的話，會對眼睛造成嚴重的傷害。因為其它的顯微鏡無需對紫外線進行防護，所以也不需要安裝這兩個過濾片。