生物顯微鏡的種類分為很多種，一般生物顯微鏡的觀察方式都是光學顯微鏡，直接用眼睛觀察的，這是傳統的觀察方式，隨著技術的不斷革新，生物顯微鏡現在有機的和電子產品聯系起來，通過傳感器直接顯示在顯示屏上，這是一大技術革新。
   一般生物顯微鏡分為單目顯微鏡，這種顯微鏡是更傳統的，只能一個眼睛觀察，觀察時很費力，另外它和另一種雙目顯微鏡相似，雙目顯微鏡也是直接用眼睛觀察的，用眼睛觀察物體，觀察到的畫面顯得很真實，這是也這種傳統顯微鏡的優點之一。

                單目生物顯微鏡                            雙目生物顯微鏡
   另一種有一目一通的，這種顯微鏡觀察起來和單目的差不多，但是他多出一個功能，在接口上可以通過傳感器鏈接電腦，或者鏈接電視，這樣在顯示屏上觀察，這樣觀察起來是非常方便的，而且還可以通過電腦拍照，用來做實驗分析是非常有幫助的，比傳統的顯微鏡要好很多，但是這種通過傳感器觀察的產品又不是很好，畫面看起來沒有直接用眼睛觀察要真實一些，這是也它的一個小小的瑕疵，另外還有三目的生物顯微鏡，這種顯微鏡和一目一通的差不多，只是多出兩個用眼睛觀察的目鏡，觀察效果要比一目一通的要好很多。

           一目一通顯微鏡                               三目生物顯微鏡